既にプラグインを適用している状態で新しいバージョンのプラグインを適用すると、データや設定は消えてしまいますか？

バージョンアップにより、データや設定が消えることはございません。
データや設定はそのままに、新しいバージョンのプラグインを上書きします。
新バージョン適用後に、プラグインの設定の再保存とアプリの設定の更新を行ってください。